能够三方协议指定分包因为桩基工程的施工需要有专业性和技术性，有时候一方可能无法独立完成整个施工任务，需要指定分包方共同合作完成。

然而，分包的指定必须在三方协议的情况下进行，以充分考虑各方的权益和责任。除了三方协议，还有一些其他的规定和程序需要遵守，例如招标文件的设定、分包商的审批等。在实际操作中，需要有专业的人员根据具体情况进行操作。