1、编制不同。

公安派出所是地方编制，边防派出所是武警编制。

2、任务不同。公安派出所的主要任务是维护社会治安，开展社会治安综合治理，边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡，维护边境安全和国家利益为主要任务的。

3、经费来源不同。公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款，边防派出所的的经费来源是由国家军费列支。

4、两者身份不同。公安派出所人员是国家公务员，边防派出所人员是现役军人。法律依据：《中华人民共和国国防法》 第十五条 地方各级人民代表大会和县级以上地方各级人民代表大会常务委员会在本行政区域内，保证有关国防事务的法律、法规的遵守和执行。地方各级人民政府依照法律规定的权限，管理本行政区域内的征兵、民兵、预备役、国防教育、国民经济动员、人民防空、国防交通、国防设施保护、退出现役的军人的安置和拥军优属等工作。 第十六条 地方各级人民政府和驻地军事机关根据需要召开军地联席会议，协调解决本行政区域内有关国防事务的问题。

普通派出所与边防派出所的区别是：

一、编制不同。公安派出所是地方编制，边防派出所是武警编制；

二、任务不同。普通派出所的主要任务是维护社会治安，开展社会治安综合治理，边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡，维护边境安全和国家利益为主要任务的；

三、经费来源不同。公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款，边防派出所的的经费来源是由国家军费列支；

四两者身份不同。普通派出所人员是国家公务员，边防派出所人员是现役军人。简单的说边防派出所是联合办公，武警抓获犯罪嫌疑人，偷渡者需要马上移交公安派出所处理。里面的军官是武警指挥学院边防指挥，缉毒等专业毕业的现役武警军官。士兵的都是普通武警，来源于也都是第四季度征兵，按照比例分配而来的，没有任何区别。

就职能而言，和内地派出所并无太大不同，同样负责辖区内的治安维持、户籍事宜、刑事案件调查、救援等事项，只是其管辖区域位于边境区域（距离陆地国/边界20公里以内、海岸线5公里至24海里毗连区），除此以外，还负责边防事项的管理，如检查出境渔船的出境证件，办理停靠内地渔港的台湾渔民临时登录证等。

边防派出所跟普通派出所的区别，管理模式，编制不同，任务不同。管理模式上的不同，即边境派出所归县级边境管理大队管理，而普通派出所归派出机关管理，即公安分局。公安派出所是地方编制，边防派出所是武警编制。任务不同。