遵循的制度一样，都是政府会计制度，但二者业务处理上是不一样的。

行政单位的收入主要来源依赖地方财政拨款收入，事业单位不仅有地方财政拨款收入还有自己的事业收入和经营收入。事业单位的支出也就与行政单位有了一定的区别，如事业单位比行政单位多了个单位管理费用。

行政单位会计和事业单位会计都是一样的的。会计的业务基本都是一样的，只是对上对下的工作程序不一样，有些规章制度财会制度，报账制度和要求及报账时间不同，但它的工作内容和性质都是一样的，都是记账，报账，以及纵向横向的后勤保障工作。