市直事业单位和县事业单位在单位性质上是没有区别的，都是事业单位。

所不同的是层级不同，所担负的工作职责有所不同，市直事业单位担负市直属单位的工作任务，县级事业单位担负的是县域工作任务，市直事业单位也有指导县级事业单位工作的职责。

市直单位的管理是市里直接管理的，县事业单位的管理是县上管理，区别就是管理的上级不一样