预付账款中的在建工程款项转入在建工程科目，可以通过填制记账凭证进行转账。

借方记入在建工程科目，贷方记入预付账款科目。转账金额为已发生的实际工程成本，并附有相应的工程进度款发票、验收单等 supporting documents 来证明工程进度。