1.蛋白分泌序列的存在阻碍折叠，导致错误折叠分子的产生 2. 胞质内高还原性环境使蛋白二硫键稳定下降，出现错配二硫键 3. 原核细胞不具备糖基化功能，真核糖蛋白无法糖基化使中间体溶解度下降，导致不溶解包涵体形成 另有研究表明E.coli胞质内酸性成分与外源蛋白的紧密结合是促进蛋白聚合的重要因素。

包涵体形成动力学研究表明，包涵体是由部分变性的中间体聚合而成。因此，任何影响中间体稳定的因素，如pH值、离子强度和温度都可以引起蛋白聚合反应。蛋白聚合过程中分子间离子及疏水相互作用也起很大作用。