我认为，应当做好以下工作。

一是，找这位下属谈一次话。指出协调能力不强、专业不够的问题。并要求加强学习、历练，弥补短板，尽快进入角色。二是，向有关部门做好沟通、解释，及时消除彼此间的误会。并代表本部门，向有关部门带来的不便，表示歉意。三是，平时多安排本部门的工作叫这位下属去做，多给机会，多鼓励、多帮助，让其得到充分锻炼。