哈尔滨工程大学青岛校区和哈尔滨本部颁发的毕业证书在法律效力和认可度上是相同的，因为它们均由同一所大学颁发。

但是，在某些情况下，青岛校区的毕业证书可能会注明“青岛校区”字样，以区分不同校区。具体情况还需以哈尔滨工程大学的官方政策为准。