应该说，还是西安交通大学的土木工程比兰州交通大学的土木工程系好一些。

因为西安交通大学是国家教育部属全国重点大学，且西安交通大学底子很厚实，西安交通大学是上海交大搬迁到西安的，西安交通大学在全国一本学校中名列前茅。而兰州交通大学原名是兰州铁道学院，近几年才发展为交通大学的，是一所二本院校，大学排名约中等偏上。与西安交通大学差距较大。

西安交通大学的土木工程专业很一般，全国排名在64位，C+，兰州交通大学的土木工程专业全国排名40位，B，因此，兰州交通大学的土木工程专业比西安交通大学土木工程专业要好。