南京小学的语文教材是人教版的，数学是苏教版的。

人教版即由人民教育出版社出版的教材版本，人教版教材涵盖小学到高中的内容，是大多数学校所用的教材。苏教版是指由江苏教育出版社出版的系列中小学教材，简称苏教版教材。广义上的苏教版教材不仅包括了江苏教育出版社出版的教材，还有译林出版社（译林版主要出版英语教材），江苏科技出版社（苏科版主要出版部分初中数学物理教材），江苏少年儿童出版社（苏少版主要出版音乐美术类教材），以及江苏人民出版社（苏人版主要出版政治教材）等教材。此外，江苏省组建了“凤凰出版传媒集团”，因此在部分场合使用了“凤凰版教材”或类似称呼。

南京小学语文现在使用的版本是部教版的，数学使用的版本是苏教版，英语使用的版本是译林版的。