二者的区别在于性质与服务方向等不同，企业是生产经营单位，科研院所是科研机构，企业的服务方向就是企业的生产方向，即满足大众的某一需求，获得利润，科研院所的服务方向为解决社会、有关组织有关领域的问题，完成研究项目，服务于社会，更多的是获得社会效益。

企业是将科研院所的研究成果转换成批量产品，而科研院所只是搞研究。

体制性质不同，科研院所大多数是事业单位，而民营企业内设的科研院所一般都不直接参与企业的经营活动。