书院的教学多采用问难论辩式；注意启发学生的思维，培养自学能力，提高学生的学习兴趣。

这比一般学校只是先生讲，学生听，呆板、生硬的注入式教学优越得多。书院教学一般是以学生个人读书钻研为主，重视对学生读书的指导。许多名师都把指导学生自己读书作为教学的重要任务，他们并将自己的洽学经验概括为读书的原则或程序，指导学生应读什么书，哪些先读，哪些后读，以及如何提高学习的效果等。……学生读书重在自己理解，教师针对学生的难点或疑点进行讲解，所以书院教学中十分强调学生读书要善于提出疑难，鼓励学生问难论辩。早在唐代朱弼在任庐山国学主讲时，就提倡学生质疑问难，然后再详加剖析。