机关内设办公室、水政水资源科（省水政监察总队淮河支队）、河道管理科、基本建设管理科（质量监督站）、工程管理科、财务科、组织人事科、党群工作科、防汛抗旱办公室、离退休办公室、监察室、科技与信息化科12个科室；下辖颍东、颍上、凤台、潘集、蒙城、怀远、五河、明光等8个淮河河道管理局，王家坝闸、曹台闸、阜阳闸、颍上闸、东湖闸、东淝闸、窑河闸、蚌埠闸、蒙城闸等9个水闸管理处和测绘院、防汛机动抢险大队共19个直属管理单位。

属于省水利厅下级单位，蚌埠地区