当然是两个，内部来说院系公章是小范围适用的，比如提交到学院的材料，盖上院系公章；单位组织部门公章是整体适用的，也是法律上称之为法人组织的公章，加盖此公章的，整个法人组织对外承担责任！加盖院系公章的，对外效力弱，甚至不被承认