二者是完全不同的两个概念。

无人机执照指的是无人机操作驾驶执照，也就是说操作无人机的最低准入资格。无人机执照是通过考试获得的，而且也是驾驶无人机的凭证。合格证指的是作为合格的证明，也就是说经检验之后，合格的相关证明。合格证一般在检验合格时候才会发放的，而且也是质检人员来发放。

无人机执照是购买无人机的单位和个人必须取得的合法手续。合格证是无人机出厂时检验合格的证明。