当支付锅炉改造工程的余款时，会计分录可以按照以下方式进行记录：首先，在记录付款时，应借记“应付账款”科目，以反映尚欠供应商或承包商的款项；同时，贷记“银行存款”科目，以体现公司银行账户资金的减少。

这样，就准确反映了公司支付余款后的财务状况。此外，为了保持会计记录的完整性和准确性，还应在会计分录中注明相关的合同编号、支付日期、支付金额等信息，以便于后续的核查和审计。通过这样的会计分录，公司可以清晰地掌握锅炉改造工程余款的支付情况，确保财务信息的真实性和准确性。

借：在建工程一一锅炉改造

贷：银行存款（现金）