重庆医科大学的中医学、中西医结合专业，都是省级重点学科或特色专业，均拥有硕士授予权。

但总体上，在国内说不上突出，上一轮教育部对中医学的学科评估中，有37所高校上榜，并没有重庆医科大学。该校在国内拔尖的专业有内科学（传染病）、儿科学、神经病学、临床检验。