运费发票与运输发票还是有一定的区别的。

运输涉及公路运输用、铁路运输、航空运输、水路运输，各个行业使用的发票有所不同；第二，运费发票只反应运费，而运输发票记录的内容更多一些。如公路客运发票就只是运费发票，而运输发票则不仅包含运费，还包括过驳费、服务费等；第三，运费发票记录的金额可以按照比例全额扣税，而运输发票中的服务费等不能扣税。

运费发票与运输发票其实际意义都是一样的，实际就是运费发票。运费发票是运输发票的俗称。