上海不在金山建深水港的原因主要有以下几点：地理位置和自然条件限制：金山区的地理位置和自然条件可能不适合建设深水港。

深水港通常需要广阔的深水域和良好的航道条件，而金山区的地形和水文条件可能不能满足这些要求。城市规划和交通考虑：上海的城市规划和交通系统已经非常发达，如果在新区域建设深水港，需要考虑与现有交通网络的衔接和整合，这可能会增加建设成本和时间。环保和生态保护：金山区的生态环境较为敏感，可能存在一些环保和生态保护方面的限制。建设深水港可能会对当地的生态环境造成影响，需要进行充分的评估和规划。综上所述，上海不在金山建设深水港的原因是多方面的，包括地理位置、自然条件、城市规划、交通考虑以及环保和生态保护等方面的因素。