在昆明医科大学中，基础医学院和第二临床医学院均有设立临床医学专业。

昆明医科大学院系设置：

公共卫生学院：预防医学、卫生检验与检疫、食品卫生与营养、公共事业管理（卫生事业管理方向）；

口腔医学院：口腔医学；

药学院：药学专业、药物制剂；

护理学院：护理学；

人文学院：市场营销、劳动与社会保障（医疗保险专业方向）；