按照武汉舰甲板分校官网公示的信息，该校目前有两个专业，分别是“导航”和“输送与补给”。

导航专业教授航海定位、海图解读、天文导航、雷达导航等知识，着重培养航海领域的技术人才；输送与补给专业教授物资运输、船舶补给、装卸指导、危险品管理等内容，注重培养负责船舶物资运输和补给的职业人才。同时，学校还提供一些综合课程，如船艺学、安全管理等，以提高学生的全面素质。