污水处理厂通常归属于市政公用管理系统，归属于市政部门首府。

其建设、运营等由城管部门负责管理，环保部门仅负责管理污水处理厂入水的合格性检验。在市场化改革后，污水处理厂的性质变得更为复杂，有归属于事业单位的，有归属于国营企业的，还有私人公司或全国各地水务公司、环保公司等。总的来说，污水处理厂主要是由市政部门和环保部门负责管理。