选择日本考研的理科专业时，可以考虑以下几个方面：

本科专业与研究生专业的关联性

理科生通常选择与本科专业相关联的学科进行报考，以确保专业对口性。例如，计算机科学专业的学生可以选择计算机科学、数字情报学、系统情报学等相关领域。

个人兴趣与研究方向

如果对某个领域有浓厚的兴趣或想进行新的尝试，即使本科专业与研究生专业不完全对口，也可以考虑跨专业。但需要注意的是，跨专业考研的难度较大，需要具备扎实的语言基础和专业知识，以及准备充分的研究计划和面试。

院校与专业的推荐

根据自己的实际情况和未来想要研究的方向，选择具有优势的专业和院校。例如，情报工学、生物学、电子电气工程等专业在日本备受推崇，且有较多知名院校提供相关课程和研究机会。

语言能力

日本留学对语言能力有一定要求，日语一般需要达到N2级，英语通常要求780+或托福80+。确保自己的语言能力满足申请要求，以便更好地进行学术研究。

研究计划与面试

在申请过程中，研究计划书的质量和面试表现也是非常重要的考察环节。需要对自己的研究方向有深入的理解，并能够清晰地展示自己的研究思路和计划。

实际经验与背景

如果有过相关的工作或实习经历，可以在申请中增加自己的竞争力。这些实际经验能够证明你对专业的理解和热情，有助于在面试中取得优势。

综上所述，选择日本考研的理科专业时，应综合考虑本科专业与研究生专业的关联性、个人兴趣与研究方向、院校与专业的推荐、语言能力、研究计划与面试以及实际经验与背景等因素。确保自己具备扎实的专业基础和良好的语言能力，以提高申请成功率。