消防工程师证书主要有 红色和蓝色两种颜色。具体来说，一级消防工程师证书为红色封皮，而二级消防工程师证书为蓝色封皮。此外，还有信息称证书通常为红色封皮，内页包含个人信息、照片、考试信息等，具体样式以官方发布为准。同时，也有描述称第一版证书外壳是深蓝色的，而后续版本证书外壳则改为红色。

综合上述信息，可以得出结论：

一级消防工程师证书为 红色封皮。

二级消防工程师证书为 蓝色封皮。

建议在实际应用中，以官方发布的具体样式和信息为准。