二级建造师的注册审批部门是 省、自治区、直辖市建设行政主管部门。具体流程为：

1. 申请人通过聘用单位向单位工商注册所在地的省、市、自治区、直辖市建设行政主管部门提出申请。

2. 省建设厅政务服务中心（注册中心）对申请注册的有关材料进行初审，提出初审意见，并将初审意见和全部申请材料上报建设部。

3. 建设部进行审核，作出行政许可决定。准予注册的，于法定时间内向申请人颁发《注册建造师执业资格注册证书》。

因此，二级建造师的注册审批主要涉及省、自治区、直辖市的建设行政主管部门，并由建设部进行最终审核和备案。