当您的二级建造师证书被扣时，您可以按照以下步骤进行操作：

了解原因

首先，明确证书被扣的具体原因，可能包括违反法规、挂靠行为、工程质量问题等。

联系相关部门

及时联系扣证单位或当地住房和城乡建设部门，了解具体情况。

提供证明材料

根据扣证原因，准备相应的证明材料，如解除挂靠关系的证明、补学继续教育的证明等。

提交申请

向扣证单位或相关部门提交恢复证书的申请，并提供必要的申请材料。

等待审核

耐心等待扣证单位或相关部门的审核，并积极配合提供补充材料。

领取证书

审核通过后，按照通知领取恢复的二建证书。

如果通过以上步骤仍无法解决问题，您还可以考虑以下法律途径：

向公司人力资源部门或上级主管反映情况，寻求内部调解。

向当地劳动监察大队投诉，请求介入调查。

如果上述途径无效，可以向人民法院提起诉讼，要求归还证书。

请注意，在采取任何行动之前，确保您已收集所有必要的证据，如证书原件及复印件、与公司沟通记录等，以支持您的诉求。同时，了解您与公司签订的协议条款，特别是关于证书使用和保管的部分。