监理工程师在处理工程质量缺陷时，可以采取以下方法：

修补处理

当工程某些部分的质量未达到规定的规范、标准或设计要求，但经过修补后可以达到要求的标准，且不影响使用功能或外观时，可以采取修补处理的方法。

返工处理

当工程质量未达到规定的标准或要求，存在明显的严重质量问题，对结构的使用和安全有重大影响，且无法通过修补方法纠正时，必须进行返工处理。

限制使用

当工程质量缺陷按修补方式处理后仍无法保证达到规定的使用要求和安全要求，且无法返工处理时，可以采取结构卸荷、减荷或限制使用的措施。

不做处理

某些工程质量缺陷虽不符合规定的要求或标准，但其情况不严重，经过分析、论证和慎重考虑后，可以决定不做专门处理。

及时发出警告信息

当质量缺陷发生在萌芽状态时，监理人员应及时发出警告信息，要求承包商立即更换不合格的材料、设备或不称职的施工人员，或改变不正确的施工方法及操作工艺。

暂停施工指令

当质量缺陷正在出现时，监理人员应立即向承包商发出暂停施工指令，待承包商采取能足以保证施工质量的有效措施，并对质量缺陷进行正确补救处理后，再书面通知恢复施工。

拒绝检查验收或工程计量

当质量缺陷发生在某道工序或单项工程完工后，且对下道工序或分项工程产生质量影响时，监理人员可以拒绝检查验收或工程计量，并要求承包商进行返工处理。

现场调查分析

监理人员应对工程质量缺陷的原因进行调查分析，并确定责任归属，审查承包人提出的维修方案，并监督其维修过程，对维修的工程质量进行验收。

签署监理意见

对非承包人原因造成的工程质量缺陷的修复费用或缺陷责任期，监理人员应核实相关费用并签署监理意见后报建设单位。

记录和报告

监理人员应对工程质量缺陷进行详细记录，并在发现质量缺陷时及时签发《监理工程师通知单》至施工单位签收处理，同时抄报建设单位。

跟踪监控

对检查出的重要问题，监理人员应按有关规定处理，并跟踪监控，确保问题得到解决。

组织调查组

当工程质量缺陷导致事故发生后，监理人员应组织相应的调查组对情况进行调查，并在调查过程中回避，确保调查结果的公正性。

通过以上方法，监理工程师可以有效地处理工程质量缺陷，确保工程质量和安全。