监理工程师回复单需要 至少两份。一般来说，一份回复单由监理工程师留存档案，另一份交给业主或施工方，以便他们了解工程进展情况。此外，如果需要将回复单发送给多个相关方，可以制作多份副本。

在某些情况下，回复单需要一式三份，分别由监理机构、建设单位、施工单位保存。

因此，综合以上信息，监理工程师回复单至少需要两份，具体份数可能会根据实际需要和具体情况有所调整。