要注销二级建造师的单位注册，需要遵循以下步骤：

1. 准备相关材料

需要收集与二级建造师相关的所有证书和文件，包括建造师的身份证、资格证书、注册证书以及单位的营业执照等。同时，还需要填写一份《二级注册建造师变更、增项、注销注册申请表》。

2. 提交申请

将上述材料准备齐全后，向注册所在地的省级建设行政主管部门提交注销注册申请。可以通过邮寄或亲自递交的方式提交。如果是通过邮寄方式，务必确保所有文件的完整性和安全性。

3. 等待审核

提交申请后，相关部门会对提交的材料进行审核。这个过程可能需要一段时间，具体时长取决于当地的建设行政主管部门的工作效率。在此期间，请保持联系方式畅通，以便接收后续的通知或补充材料的要求。

4. 完成注销

审核通过后，相关部门会出具正式的注销通知。此时，二级建造师的注册状态将被正式更改为“注销”。请注意，一旦完成注销，建造师将无法再使用该注册进行任何工程项目的相关工作。

5. 后续处理

注销完成后，如果建造师希望在其他单位重新注册，需要按照新的注册流程再次提交申请。在重新注册前，请确保已完全符合当前有效的注册要求。

6. 注意事项

在注销过程中，请确保所有的信息都是最新的且准确的，避免因信息错误导致不必要的延误。如果在注销过程中有任何疑问，可以随时联系相关部门进行咨询。

7. 法律后果

需要注意的是，如果二级建造师在未注销的情况下被发现在其他单位执业，可能会面临行政处罚，甚至刑事责任。因此，注销注册是遵守法律法规的重要一环。

8. 总结

注销二级建造师的单位注册是一个相对简单的过程，但也需要谨慎对待。通过以上步骤，可以顺利完成注销程序，并确保一切操作符合相关法律法规的要求。