两者的职责不同：

审计员的职责是审核和证明公司的财会账目是按法律和公司章程的规定制作的；必须审核年度报告中是否包含法律所规定的情报以及对公司的事务是否给予虚假的介绍，必须核实年度财务报表和年度报告的内容。

审计助理的职责是负责对所有涉及的审计事项，编写内部审计报告，协助政府审计部门和会计师事务所对公司的独立审计活动；负责做好有关审计资料的原始调查的收集、整理、建档工作，按规定保守秘密和保护当事人合法权益。

两者的职位要求不同：

1、审计员的职位要求，已是该公司的职员或服务人员，是该公司的合伙人；是一个经济团体；

2、审计助理的职位要求：具有助理审计师或中级会计师以上资格。

2年以上公司财务工作或事务所工作经验。熟悉国家财务政策、会计准则；精通审计、税务法律法规等