河北省农林科学院植物保护研究所1958年9月1日在保定市南关河北农业大学东院成立，1959年3月迁至保定市红星路42号（保定市第四中学对面），1964年十月迁至现址保定市东关大街437号（原东关大街73号）。

1958年建所时设有病害研究室、虫害研究室和虫情测报组；1962年增设了农药研究室。

到1966年年底，职工总数69人，其中科技干部45人，管理人员5人，工人19人。

1966年~1971年全所职工进干校，科研工作停止。

1971年底至1972年初，原植物保护研究所和土壤肥料研究所合并组建河北省植保土肥研究所，隶属于河北省农业局。

1974年1月，划归河北省农林科学院管理。

1984年1月，土壤肥料研究所迁往石家庄，本所在原址恢复原名称—河北省农林科学院植物保护研究所。