肯定是福建医科大学好。

福建医科大学在福建省内以及在东南各省中的医学科类的大学中实力都是比较强的，教出来的很多学生各大医院都比较喜欢，技术上也很过关，同时福建医科大学出来的很多学生活跃在医学类政治领域，很多学生都可以留学欧美日俄等医学水平高的国家，相比较而言，福建中医药大学的前身即为福建中医学院，办学规模、实力、文化都远远不及福建医科大学！

福建医科大学、福建中医学院（现名：福建中医药大学），各有所长，要看具体专业。综合实力，是福建医科大学稍强。福建医科大学全国排名比福建中医药大学前42位。