南京退休人员档案办理流程如下： 退休人员本人持身份证、退休证前往户籍所在地的人才服务中心； 填写《南京市退休人员档案管理表》； 提交《南京市退休人员档案管理表》、身份证、退休证的复印件； 缴纳档案管理费； 领取档案管理回执。