相同点：两者都是应用免疫组织化学的原理，标记并检查组织中的目的蛋白（抗原）。

不同点：免疫荧光技术是用带有荧光的抗体去标记和检测目的蛋白（抗原），标记后用荧光显微镜观察。属于光镜、细胞水平的观测；免疫电镜技术，是使用带有过氧化物酶或金颗粒的抗体去标记组织中目的蛋白，进而制成电镜标本，最终用电子显微镜观察。属电镜、亚细胞水平上的检测。