C分数的计算步骤如下：

1. 对于实验测定的结构，需要用PDB格式保存，并从PDB文件中提取出每个原子的坐标。

2. 对于模型结构，也需要用PDB格式保存，并从PDB文件中提取出每个原子的坐标。

3. 对齐实验测定的结构和模型结构。这通常是通过使用结构比对软件（如TM-score或RMSD）来实现的。

4. 计算C分数。C分数的计算公式为：

C-score = (1/(1+RMSD)) + (TM-score-0.5)

其中，RMSD是均方根偏差，TM-score是结构比对时的TM分数。

C分数的取值范围为0到1，C分数越高表示模型与实验结构之间的相似性越高，蛋白质结构的质量越好。

上述是C分数的简单计算步骤。实际在计算C分数时，还需要考虑其他因素，如模型的大小和误差情况等。