菌肥不能代替有机肥，因为有机肥除了可以疏松土壤之外，它还含有氮、磷、钾等中微量元素，如果用菌肥去代替有机肥，其肥力的持久性肯定会有所下降。

菌肥也被称为生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂，它含有较多的营养成分，还含有大量的对植物有益的微生物菌，施入土壤后能够起到改良土壤、防治病害等效果。