2018年12月25日，支付宝官微宣布，从次日起，南京地铁正式开通支付宝扫码支付功能。

全线174个车站每站“两进两出”闸机通道投入使用。南京地铁仅支持银联闪付和支付宝二维码两种移动支付方式。