2016年5月27日，曼联俱乐部官方正式宣布葡萄牙主教练何塞-穆里尼奥将入主老特拉福德，他继大卫·莫耶斯与路易斯·范加尔之后成为弗格森爵士退休后曼联所任命的第三任主教练。

2016年7月16日，在曼联2:0击败维冈竞技的热身赛中，这是穆里尼奥在曼联执教的首场比赛。

8月7日，穆里尼奥带领曼联在新温布利球场战胜莱斯特城夺得了英格兰社区盾杯冠军。

11月，穆里尼奥因“不当言论”和“过激行为”先后遭到英足总两次禁赛和罚款的处罚。

2017年2月27日，穆里尼奥率领曼联在英格兰联赛杯决赛中3:2击败南安普顿夺得冠军。

3月19日，穆里尼奥在联赛中带领曼联3:1击败米德尔斯堡，这场胜利使得曼联俱乐部成为英超历史上第一个夺得600场胜利的球队。

5月21日，穆里尼奥率领曼联在欧洲联盟杯决赛中2比0战胜阿贾克斯夺得冠军。