南京工程高等职业学校始建于1956年，2002年由江苏省地质矿产厅划归江苏省教育厅管辖。

次年，由普通中等职业学校升格为全日制高等职业学校，同时增挂江苏联合职业技术学院南京工程分院，是南京地区唯一一所隶属于江苏省教育厅的公办的五年一贯制高等职业学校。分为三个校区：

1、南京工程高等职业学校百家湖校区。地址：南京市江宁区庄排路159号；

2、南京工程高等职业学校浦口校区。地址：南京市浦口区洪流村93号；

3、南京工程高等职业学校九龙湖校区。地址：南京市江宁区苏源大道50号。