花呗不能在商家支付的原因可能是：

1、商家没有开通花呗服务，或者是商家售卖的商品不支持;

另外，花呗现在有个“当面花”服务，开通当面花后，即使商家未开通花呗服务，用户也能用花呗付款，开通方法是：进入支付宝的花呗，点击“我的”—“花呗当面花”即可开通。