危机边缘第三季结局意思是：沃特将皮特救回来违反了生命间和两个世界的平衡，想挽救世界必须找回平衡。

而皮特的消失最终重建平衡挽救了两个世界。所谓没有存在过是指对两个世界而言，皮特都不能算是哪个世界真正的存在：对这边的皮特而言早就夭折了、对平行世界而言皮特从小就消失了。只是因为平衡破坏后需要重建平衡，才出现了通过皮特和那个机器的作用以及观察者的引导重建平衡的过程。