三方协议还没有签就丢了，是没有影响的，可以找学校再找一份回来的；如果是签过了就业协议，自己保留的那份丢了，基本上没有关系，今后比如转正定级只要去人才市场或者人才中心凭身份证就能调阅相关资料的。

日后如果发生纠纷，需要用到三方协议，可以拿出复印件，对方一般不会否认协议的存在。如果要是主张复印件存在伪造部分，那就有责任拿出他们保存的协议原件来证伪的复印件。