盐城自然保护区主要保护丹顶鹤等珍稀野生动物及其赖以生存的栖息地，即滩涂湿地生态系统。

盐城国家级自然保护区位于江苏省盐城市，地处我国东部沿海中部，保护区面对南黄海，背靠苏北平原，是淤泥质平原海岸的典型代表。