Cas9蛋白相当于限制酶，当Cas9蛋白与水稻TMS5基因结合后，使每一条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键断开。

然后插入碱基A，并将两个片段在DNA连接酶作用下得到编辑成功的TMS5基因。通过PCR技术扩增编辑成功的TMS5基因，需要根据一段已知目的基因的核苷酸序列合成引物。然后在基因的上游连接启动子，可作为RNA聚合酶识别和结合的部位，再组装到相应的载体上，除此之外，基因表达载体的结构还应包括复制原点、终止子、标记基因等。