财政应返还额度的审计流程包括：年终注销、年初恢复、使用上年用款额度等事项。

财政应返还额度核算行政事业单位年终注销的，需要在次年恢复的年度未实现的用款额度。行政单位的财政应返还额度包括财政应返还直接额度和财政应返还授权额度。财政直接支付方式下，年度终了，单位根据本年度财政直接支付预算指标数大于当年财政直接支付实际发生数的差额，借记本科目；下年度恢复财政直接支付额度后，单位以财政直接支付方式支付款项时，贷记本科目。