原位杂交和印记杂交的区别在于应用对象不同，原位杂交用于细胞或组织的局部检测，印记杂交用于检测DNA分子的存在和大小。

同时，原位杂交需要在样本中加入标记的特定探针，而印记杂交需要将DNA分子进行电泳和转移到膜上等步骤。