侦查卷留档。

根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，在办理刑事案件时公安机关应该保存的是侦查卷。第二百七十七条：侦查终结后，应当将全部案卷材料按照要求装订立卷。向人民检察院移送案件时，只移送诉讼卷，侦查卷由公安机关存档备查。