北碚自然博物馆有贝林厅、重庆厅、恐龙厅、地球厅、环境厅、进化厅。

自然博物馆旧馆位于重庆市枇杷山正街，新馆位于重庆市北碚区金华路。前身为1930年卢作孚先生创办的中国西部科学院，以及1943年由十余家全国性学术机构联合组建的中国西部博物馆。

1949年以后，先后改建为西南人民科学馆、西南博物院自然博物馆、重庆市博物馆自然部。

1981年改为现名，为国家一级博物馆。