五四红旗团支部的好处是对受到表彰的团组织，县级以上团的领导机关可以按照规定给予一定工作经费补助或者在工作项目实施等方面给予支持。

评选表彰工作在团中央书记处领导下进行，团中央基层建设部负责具体实施。省（自治区、直辖市）团委、中央军委政治工作部组织局群团处、全国铁道团委、全国民航团委、中央和国家机关团工委、中央金融团工委、中央企业团工委负责推荐。