二次深化设计费可以列入工程款。

深化设计费用可以作为工程建设费用，列入施工方结算造价，但具体结算方式需要双方商议确定，并在合同中明确约定。二次深化设计费是指在建筑设计、工程设计等领域，经过初步设计后，对原有设计方案进行细化、完善和优化的过程中所产生的费用。